Алексей дебютировал в футболке ПФК ЦСКА 8 мая 2002 года в игре чемпионата России против «Торпедо». С тех пор он провел 275 матчей в чемпионате, 38 в Кубке России, принял участие в семи Суперкубках России и одном Суперкубке УЕФА, сыграл 46 матчей в Лиге чемпионов и 33 – в Кубке УЕФА/Лиге Европы. За минувшие 11 с лишним лет выступлений за армейцев Березуцкий забил восемь мячей, отличившись, в том числе, в победном финале Кубка УЕФА-2004/05.
Отметим, что рекордсменом по числу матчей за ПФК ЦСКА остается Владимир Федотов, сыгравший за армейский клуб 426 игр.